Chương trình học tại Mầm Non Hoa Mộc Nhiên - Phú Mỹ được xây dựng trên cơ sở kết hợp Chương trình Giáo dục Mầm non của Bộ Giáo dục và Đào tạo với phương pháp tiếp cận Reggio Emilia, đảm bảo chuẩn phát triển theo từng độ tuổi, lấy trẻ làm trung tâm, khuyến khích trẻ chủ động quan sát, tìm hiểu và từng bước hình thành nhận thức thông qua trải nghiệm thực tế.
Ngoài chương trình học chính khóa, trẻ còn được tham gia nhiều hoạt động bổ trợ phong phú như dã ngoại, năng khiếu, Aerobic, Tiếng Anh, kỹ năng sống, góp phần làm phong phú trải nghiệm học tập, tạo cơ hội để trẻ phát triển nhiều mặt một cách hài hòa.
Điểm nổi bật trong chương trình học của trường là tăng cường học ngoài trời, tổ chức hoạt động trồng cây, lồng ghép Tiếng Anh qua các hoạt động hằng ngày, chú trọng định hướng cá nhân hóa theo từng trẻ. Qua đó, trẻ có thêm cơ hội tiếp xúc với thiên nhiên, rèn luyện khả năng quan sát, hình thành thói quen tích cực, đồng thời phát huy những thế mạnh riêng của bản thân.
Lớp tiền tiểu học cho các bé chuẩn bị kỹ năng cho trẻ trước khi vào lớp 1, tập trung rèn tính tự tin cũng như khả năng thích nghi để các con sẵn sàng cho giai đoạn chuyển cấp.
Hoa Mộc Nhiên theo đuổi tinh thần nuôi dưỡng tự nhiên - khơi mở tiềm năng, để mỗi em bé được lớn lên trong môi trường giàu trải nghiệm, chan hòa yêu thương, phù hợp với đặc điểm phát triển cá nhân. Từ những nền tảng đầu tiên ấy, trẻ dần hình thành sự tự tin, khả năng thích nghi - hành trang cần thiết cho các giai đoạn học tập tiếp theo.
Về quy mô lớp học, nhà trường cam kết duy trì sĩ số phù hợp để đảm bảo chất lượng chăm sóc và giáo dục. Đối với nhóm nhà trẻ, sĩ số từ 15 - 18 bé/lớp. Đối với nhóm mẫu giáo, sĩ số từ 20 - 25 bé/lớp, tạo điều kiện để giáo viên theo sát từng trẻ, kịp thời quan tâm đến nhu cầu, cảm xúc cũng như quá trình phát triển của các con.